Wau được người Pháp thành lập với tên gọi Fort Desaix[3] và sau đó trở thành căn cứ của những thương nhân nô lệ vào thế kỷ 19. Trong thời kỳ Sudan thuộc Anh-Ai Cập, thành phố đã trở thành một trung tâm hành chính quan trọng.

Trong cuộc Nội chiến Sudan lần thứ hai, đây là nơi đóng quân của Lực lượng vũ trang Sudan. Các cuộc giao tranh đã diễn ra trên diện rộng vào mùa xuân năm 1998, khiến người Dinka trong thành phố chạy về phía đông.

Năm 2010, Bộ Nhà ở, Quy hoạch Vật chất và Môi trường đề xuất định hình lại thành phố với hình dạng hươu cao cổ.[4]